Alle bodemvondsten worden eveneens beheerd door het Amsterdams Historisch Museum. Het gaat om duizenden voorwerpen en tienduizenden scherven die, als tastbaar resultaat van het graven in het verleden, sterk tot de verbeelding spreken. Allerlei gebruiksartikelen en persoonlijke eigendommen, zoals schoeisel, speelgoed en sieraden zijn door archeologen aan de oppervlakte gebracht en tentoongesteld in de permanente opstelling. Een groot deel van de archeologische collectie wordt bewaard in het depot.